En 1650 dans les faubourgs du sud parisien, est fondée une maison religieuse dédiée au noviciat, la période de probation, des futurs prêtres de l'église catholique. En 1655, débute la construction de l'oratoire achevé en 1657. Le noviciat prend le nom d'Institution de l'oratoire. Un siècle et demi plus tard, en 1795, le site se convertit en maternité et en maison d'allaitement, vocation qui perdurera longuement. A partir de 1814, il est dévolu au « Service des Enfants trouvés » recueillant, hébergeant, nourrissant et instruisant les enfants abandonnés ou orphelins. Au bas du portail d’entrée de la cour de l'oratoire la trappe par laquelle était déposée les nourrissons en témoigne encore.
C'est à partir des années 1930, avec les progrès de l'obstétrique et de la pédiatrie, que le site se transforme en véritable établissement hospitalier spécialisé dans les naissances et les maladies infantiles. Dans les années 1970, l'automobile pénètre jusqu’au cœur du site, voies de circulation et aires de stationnement effaçant la trame paysagère orthogonale originelle. De la toute fin du XVIIIème siècle aux débuts du XXIème, Saint-Vincent de Paul est le lieu des commencements ; bien des Parisiens sont nés ou ont donné naissance ici. Le site est inscrit dans la mémoire collective, souvent sous le signe d'heureux événements.
En 1999, confronté aux coûts de mise aux normes des bâtiments et répondant à la restructuration des pôles hospitaliers parisiens, l'hôpital fusionne avec Cochin et redéploye ses activités. Les services pédiatriques rejoignent ainsi l'hôpital Necker l'année suivante.
En 2011, une première convention d'occupation temporaire est conclue avec l'association Aurore afin de transformer les premiers bâtiments désaffectés en lieux d'hébergement. L'hôpital cessera complètement son activité en février 2012. Cette occupation transitoire prendra de l’ampleur à partir de 2014 avec « Les Grands Voisins ».
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